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L'Église Gnostique Catholique a été fondée en 1907 e.v. par Jean Bricaud, Gérard Encausse et Louis-Sophrone Fugairon ; ces deux derniers ayant été évêques de "l'Église Gnostique" de Jules Doinel (créée en 1890) avant l'abdication de Doinel comme patriarche. En 1908 e.v., Theodor Reuss semble avoir reçu la consécration épiscopale et l'autorité primatiale dans l'Église Gnostique Catholique d'Encausse, de Bricaud et de Fugairon en reconnaissance de la délivrance à Encausse d'un brevet pour les rites maçonniques de Memphis et de Mizraim. La même année, Encausse, Bricaud et Fugairon ont changé le nom de leur église en "Église Gnostique Universelle", laissant à Reuss l'autorité exclusive dans "l'Église Gnostique Catholique". Comme pour toutes ses autres affiliations, Reuss a incorporé l'Église Gnostique Catholique dans le système de l'O.T.O. Crowley a adopté le nom latin "Ecclesia Gnostica Catholica" (E.G.C.) pour être utilisé dans le Liber XV. Bricaud avait utilisé ce nom dans le titre d'une Messe qu'il a fait circuler vers 1908, mais il n'a pas été généralement utilisé avant que Crowley ne l'utilise dans le Liber XV. Reuss a traduit la Messe Gnostique en allemand et l'a publiée en 1918 e.v., l'adoptant comme rite officiel de l'Église Gnostique Catholique et se proclamant "Souverain Patriarche et Primat de l'Église Gnostique Catholique", ainsi que Légat Gnostique en Suisse pour l'Église Gnostique Universelle de Bricaud. La publication de la Messe Gnostique par Reuss constitue l'acceptation formelle de la Loi de Thelema par l'Église Gnostique Catholique, et sa déclaration formelle d'indépendance vis-à-vis de "l'Église Gnostique Universelle" de Bricaud. 

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Si l'E.G.C. trouve ses origines historiques dans le renouveau Gnostique français du début du siècle dernier (qui était un mouvement essentiellement chrétien), elle s'est depuis déclarée totalement indépendante des différentes Églises Gnostiques chrétiennes avec lesquelles elle ne partage ni lien, ni concordat, ni lignage ou succession apostolique communs. Les pouvoirs ecclésiastiques de l'E.G.C. ne sont fondés que sur la succession spirituelle du Maître Therion (Aleister Crowley) et des assemblées constitutives originaires de l'O.T.O. 

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La théologie, les doctrines et la théorie sacramentelle de l'E.G.C. sont basées sur les principes de la Religion thélémite. Ses rites et cérémonies sont éclectiques dans leur forme (s'inspirant des pratiques sacerdotales d'une grande variété de cultures et de systèmes religieux historiques), mais sont fondamentalement de nature thélémite. Les doctrines traditionnelles, la théologie, le droit canonique et les insignes des autres Églises, incluant les Églises catholiques romaines, orthodoxes et jacobites, ne sont pas appliqués au sein de l'E.G.C.